致病菌RXLR效应蛋白的序列特征与功能位点预测(3)
本研究以致病疫霉为研究对象，它属于真菌界，真菌门，鞭毛菌亚门，卵菌纲，霜霉目，腐酶科，疫霉属。目前致病疫霉已完成测序工作。致病疫霉的Avr1、Avr2、Avr3a、Avr4、Avrblb1、Avrblb2、Avrvnt1效应蛋白基因已被克隆⑥。韩长志等人研究发现致病疫霉效应基因Avr3a具有抑制PTI的功能.致病疫霉是疫霉属的模式种危害马铃薯，引起晚疫病，使马铃薯的产量大大减少。因此充分发掘效应蛋白基因与效应蛋白氨基酸基序，深入剖析其序列与功能位点，是提高农作物(如马铃薯)产量和品质 ，保护生态环境的有效途径。
1 数据与方法
1.1 数据来源与序列检索
以卵菌为研究对象，选择Phytophthora sojae、Passalora fulva、Gallus gallus、Phytophthora infestans、Phytophthora ramorum的RXLR效应蛋白为研究对象。并将效应蛋白名称、来源于哪个病菌列表。在NCBI数据库中分别将所选效应蛋白分类，最终选择致病菌的8个效应蛋白avr1a、avr1b、avr2、avr3a、avr3b、avr4、avrblb1、avrblb2作为研究对象。在NCBI数据库中分别直接下载这些效应蛋白的序列，并将其重新命名(见于图1)。
1.2 序列比对与聚类分析
为了对卵菌效应子蛋白进行聚类，并这些蛋白划分明确的类型，笔者利用在线工具webprank(https://www.ebi.ac.uk/goldman-srv/webprank/)比对分析所涉及到所有蛋白序列。然后将比对结果文件导入到BioNJ(http://www.phylogeny.fr/)在线工具进行构建进化树，进化树文件再导入Drawgram(http://www.phylogeny.fr/)工具，最终导出进化树图片。根据进化树分类，可初步推断卵菌效应子蛋白的分类与进化关系。
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