Gaillard等研究人员把“疏水场”的概念方法引入到COMFA 计算中；研究人员研发了能计算氢键物理相互作用的程序[12]，然后把它引入COMFA中。CoMFA方法正在不断被研究人员完善和发展。COMFA的方法常被应用于靶标蛋白结构未知的3D-QSAR研究中。

在建立COMFA模型中，选择各种测试计算参数在分析过程中是非常严格的步骤。如何选择必要的计算校准分子对接过程中的问题的策略，在COMFA 方法中是非常关键的问题。实验最后要进行讨论最终建立完成模型的计算测试数据。提供数据观测值和预测值能分析数据的标准误差以及预测效果。

2。2。3 比较分子相似性指数分析方法（COMSIA）

在1994年，一位名字是Gerhard Klebe的研究人员提出了一个改善的三维构效关系方法。此方法被称为是比较分子场的相似因子分析(CoMSIA)方法[13]。通过这个方法的名字能够看出，这个方法通过进行比较多个分子的分子场参数，然后计算分子的分子场的相似因子。在很多的被改善的三维的定量构效关系方法中，CoMSIA比较来说是有许多优点的，许多研究人员都使用。CoMSIA法使用的方法方式和CoMFA方法基本一样。CoMFA方法不能非常有效的避免分子表面的三维格点上势能变化的情况。CoMSIA能有效的避免或减少此问题影响。因为CoMSIA法选择的是高斯函数[14]，而在CoMFA方法中用了过去研究人员使用的Coulomb形式的函数。作为计算测试化合物分子场势能函数的方程，高斯函数有许多优点。导致数据自动的收敛为确定数值，其由于分子力场能量在不同的三维格点之间能非常快速度进行衰减。所以，在CoMSIA法中也用自己确定能量的截断数据参数。文献综述

研究表明，CoMSIA法使用不同大小的三维格点对计算结果影响不大，有更稳定的计算结果。其次，CoMSIA方法除了定义立体分子场和分子静电场外，还定义了分子疏水场，氢键供体场和氢键受体场[15]，因此能更正确地计算化合物的相互作用。因此，CoMSIA法比CoMFA法更加合理。所以CoMSIA在药物分子设计领域中由许多优点，其得到了广泛的研究人员的应用。

2。2。4 分子对接 

分子对接（molecular docking）是一个计算机模拟方法。其是依据配体与受体的物理的相互作用，模拟小分子配体与受体生物大分子相互作用的力场。分子对接是研究人员进行药物研发设计的方法。其通过研究受体的特点、受体和药物分子之间的物理相互作用来进行研究药物。分子识别的过程是研究配体与受体物理相互作用。相互作用主要包括分子氢键作用、静电作用、范德华作用、疏水作用等物理相互作用力。

分子对接通过计算机在受体蛋白表面计算模拟得到一个球集凹槽，然后得到一系列的结合位点。将分子计算对接到受体分子表面能通过计算分子场距离匹配规律进行。然后来计算、测试其结合的模式和亲和力，从而判断配体与受体的结合程度。测试集中的已知三维结构化合物在分子对接过程中被放在蛋白分子的活性位点处。然后不断的进行优化分子对接参数，计算受体化合物的分子构象、位置和蛋白的残基的侧链和骨架。然后计算预测其结合模式、亲和力数据和通过打分函数挑选出最佳的配体的一种模拟分子间相互作用的理论方法。

2。2。5 药代动力学

药物代谢动力学简称药代动力学。药代动力学研究在生物体内对药物的药物分布、药物吸收、药物代谢和排泄规律。其通过使用数学的原理和方法来叙述药物浓度随着时间的变化量的规律。药物研究员改善药物设计的成功率可以通过测试计算，优化药物分子的药代动力学的理化性质进行。一般地来说，在药代动力学的理化性质的计算优化过程中，不涉及改变药物分子的基本结构。实现可预测药代动力学性质，可以通过药物分子的结构优化，根据研究药物分子代谢的结果进行。此方法能测试计算得到然后减少个体差异和药物的物理相互作用。在药物分子开发研究的过程中，研究人员进行临床前药代动力学的测试评价。