禾本科TCP基因家族的生物信息学分析(2)
1.2 TCP的结构域
通过对玉米的TB1基因、金鱼草的CYC基因以及水稻的PCF1和PCF2这四个基因的序列进行比较我们可以发现它们的序列有一个共同的特点就是都含有一个保守区域，即TCP结构域（TCP domain）。TCP结构域是由60个左右的氨基酸组成，可以形成一种bHLH的结构域（basic Helix-loop-helix)，是一种碱性螺旋-环-螺旋结构。碱性区是由21个氨基酸残基组成，含有核定位信号。碱性区的第一个螺旋区是由保守的亲水残基和疏水残基组成的两亲结构。碱性螺旋的第二个螺旋区含有一个LXXLL的模体和三个可能的磷酸化位点，其中两个位点比较保守[2]。除了bHLH结构域外，CYC和TB1还存在一个保守的R结构域，是由精氨酸、
1.3 TCP基因家族的分类
根据TCP基因家族序列特点可以将其分为ClassI和ClassII两类。ClassI以PCF亚类为代表，ClassII以CYC和TB1为代表。ClassI和ClassII的最明显的区别就在于bHLH结构域的碱性序列，除此之外，还有以下差异：CYC/TB1亚类的碱性区域含有完整的核定位信号（nuclear localization signal,NLS）,而PCF亚类的碱性区域只有部分的核定位信号；TCP基因家族的DNA序列有一个共同的核心序列GGNCCC，CYC/TB1亚类的结合位点是GTGGNCCC，而PCF亚类的结合位点是GGNCCCAC[4]；环状结构（loop regin）和螺旋结构（helip regin）中疏水残基的氨基酸在两个亚类中也有所不同；根据TCP结构域的差异，ClassII又可以被分为CIN支和CYC/TB1支（ECE），CIN支的起源远早于ECE支。