当前，虽然对黄鳝的微卫星筛选工作已有报道，但取得的微卫星数量有限，黄鳝分子标记仍然十分匮乏，随着科学的进步SSR标记技术会广泛的运用到黄鳝中，目前中国黄鳝种质资源日趋贫乏，准确的遗传鉴测对黄鳝品种改良、遗传研究、优良性状基因的利用具有重大意义[6]。

表 1 已开发出微卫星标记的鱼种节选

鱼种名称 参考文献

褐牙鲆           (Paralichthys olivaceus) 

大菱鲆           (Scophthalm us maximus) 

红点鲑           (Salvelinusalpinus) 

虹鳟             (Oncorhynchus mykiss) 

臼齿海鲽         (Pleuronectes platessa) 

三线矶鲈         (Parapristipoma trilineatum) 

金头鲷           (Sparusaurata) 

虹鳉             (Poecilia reticulata) 

夏威夷石斑鱼     (Epinephelusquernus) 

牙鳕             (Merlangius merlangus)  [7]

2.材料和方法

2.1从GENBANK数据库下载黄鳝核苷酸序列

    首先，在百度中输“http://www.ncbi.nlm.nih.gov”网址，在搜寻的数据库选择nucleotide，在NCBI中输入黄鳝的拉丁文“Monopterus albus”，然后，点击“Search”将出现大量搜寻到的黄鳝序列，点击搜寻结果中“Send to”后的下拉箭头，打开保存对话框，保存类型选择“File”，保存格式选择“FASTA”，分类按照“Data Modified”，选择好各选项后，点击“Create File”，将生成的文件自己命名放入word文件中，并保存在适当位置。在生成的word文件中，分别将每一条序列开头部分复制到“Excle 1”工作表中，并且，将每条序列开头的部分替换成“>”开头，这样方便在软件中查找SSR序列。

2.2黄鳝微卫星核苷酸序列的查找

    打开“SSRHunter 1.3”软件，打开含有序列的word文件，依次将每一百条序列，1-100，01-200，201-300，301-400，401-500，501-600，601-700，701-800。依次复制粘贴到“SSRHunter 1.3”软件中，点击在构成重复元件的核苷酸数最多为4个（tetramer）上，确保查找的碱基数量标准。点击“SSR位点搜索”，搜索结果将以弹窗的形式出现。将搜索的结果依次保存，即1-100的编号序列搜索结果保存到word 1中，101-200的编号序列搜索结果保存到word 2中，201-300的编号序列搜索结果保存到word 3中，301-400的编号序列搜索结果保存到word 4中，401-500的编号序列搜索结果保存到word 5中，501-600的编号序列搜索结果保存到word 6中，601-700的编号序列搜索结果保存到word 7中，701-740的编号序列搜索结果保存到word 8中。筛选黄鳝SSR的标准，三核苷酸重复次数大于4，四核苷酸重复次数大于3，五核苷酸次数大于2。文献综述

2.3黄鳝微卫星引物的设计

首先，打开Priemer Primier 5软件，点击“File”在点击“New”接着点击DNA Sequence，将word 1、word 2、word 3、word 4、word 5、word 6、word 7、word 8中的序列依次复制粘贴到Primer软件空白区域，直接点“OK”即可。点击“Primer”，会出现一个对话框，然后点击“Search”，又会弹出一个对话框，在对话框中设置“Sense Primer”介于“1 to 150”，“Anti-sense Primer”介于“200 to 310”，设置完成后，点击“OK”，会弹出另外一个对话框，再点“OK”。之后会弹出“Search Results”的对话框，选择“Sense”则下面列表中均为软件设计好的正向引物（蓝色字体）；选择“Anti-sense”时，表中显示的均为反向引物（红色字体）。选中任意一个正向或反向引物，左侧“Primer Premier”窗口中就会显示相应引物的位置和信息。按照引物设计原则，挑选得分最高的上下游引物组合作为最终设计的引物。并且有截图方法将引物设计的结果截图，与相应DNA序列对应保存，以便后续验证和修改。