变形梯度凝胶电泳(DGGE)采用40%的凝胶单体(丙烯酰胺(Amersco)/甲叉双丙烯酰胺(Amersco):37。5/1):称取38。93g丙烯酰胺和1。07g甲叉丙烯酰胺,加入去离子水定容至100mL后用0。45μm的滤膜过滤后装入棕色瓶4℃保存。100%变性剂:去40mL去离子甲酰胺(Amersco),42g尿素(Amersco),用去离子水定容至100mL后用0。45μm的滤膜过滤后装入棕色瓶4℃保存。50×TAE缓冲液(Tris 2 mol/L,冰醋酸 1 mol/L,EDTA 50 mmol/L,pH8。0)
10%(W/N)过硫酸铵溶液(现配现用,Sigama)。DGGE变性剂浓度梯度范围:25%-53%;DGGE电泳条件:电压100v;时间20h;温度60℃。凝胶经银染后拍照,用Quantity oneV4。6(美国,Bio-Rad)软件分析DGGE电泳图谱中电泳条带的数目和亮度,以此计算土壤样品中线虫的香农-威纳指数、丰富度和均匀度。