植物几丁质酶的生物信息学分析(2)
2.3.2 蛋白紊乱区、球蛋白区预测 12
2.4 蛋白质三级结构的预测与分析 13
2.4.1 三级结构的建模 13
2.4.2 对三级结构预测结果的评价 14
3 讨论与结论 15
参考文献 15
致 谢 17
植物几丁质酶的生物信息学分析 引 言
几丁质酶是一种能够分解几丁质的糖苷酶，它几乎分布在整个生物界。虽然植物本身不含有几丁质物质，但是几丁质酶却存在于大部分植物中。目前已经从近100种植物中提取出来几丁质酶基因，事实上，几丁质酶具有多种生物功能，参与了植物防卫反应，重要的是几丁质酶与植物抗真菌作用有关。在一个植物植株中几丁质酶的含量是比较低的，但当它受到诱导的时候，比如细菌、真菌、病毒的侵染，含量便会升高，几丁质酶通过分解真菌细胞壁的几丁质菌来抑制细菌的生长，起到抗菌作用。许多几丁质酶基因已经被克隆，这使得培育抗病转基因作物成为几丁质酶研究的一个重要方向。
近年来几丁质酶因为其真菌作用越来越受到人们的关注。对植物几丁质酶的分类已经进行过多次得改进，目前公认的是分成4组或9个亚组，在对植物几丁质酶结构的研究中发现典型的几丁质酶前体是由一个N-端信号区和C-端延伸区组成，有的在N-端信号区后还会存在几丁质结合域，这种几丁质结合域富含半胱氨酸。几丁质酶与核糖体失活蛋白结合，转化成抗性更强的植株，因此对几丁质酶的研究越来越深入。 本文，利用生物信息学的方法，对小麦、玉米、高粱、水稻、蓖麻和拟南芥等植物的几丁质酶基因和氨基酸序列进行理化性质、结构特征、生化功能以及系统演化关系的生物信息学分析，为以后植物上深入研究几丁质酶提供了重要的理论基础。
1 材料和方法
1.1材料来源
在NCBI的Protein数据库中查询获得6条几丁质酶蛋白序列，如下:
小麦（Triticum aestivum AAR11388.1 )
MRGVVVVAMLAAAFAVSAHAEQCGSQAGGATCPNCLCCSKFGFCGTTSDYCGTGCQSQCNGCSGGTPVPVPTPSGGGVSSIISQSLFDQMLLHRNDAACLAKGFYNYGAFVAAANSFSGFATTGSTDVKKREVAAFLAQTSHETTGGWPTAPDGPYSWGYCFNQERGATSDYCTPSSQWPCAPGKKYFGRGPIQISHNYNYGPAGQAIGTDLLNNPDLVASDATVSFKTALWFWMTPQSPKPSSHDVITGRWSPSGADQAAGRVPGYGVITNIINGGLECGRGQDARVADRIGFYKRYCDLLGVSYGDNLDCYNQRPFA
高粱（Sorghum bicolor XP-002488863.1)
MMRALAVLAMVALFAASSARAEQCGTQAGGALCPNCLCCSKFGWCGSTSDYCGSGCQSQCTGSCGSTPSTPTPTPSSGGGGSVASIISESLFNQMLLHRNDAACPANGFYTYSAFIAAANAFPGFGTTGGADTQKRELAAFLAQTSHETTGGWATAPDGAYAWGYCFKEEQGAASGPDYCEPSTQWPCAAGKKYYGRGPIQISYNYNYGAAGQAIGAGILANPDLVASDPTVSFETAVWFWMTPQSPKPSCHAVMTGQWTPSGADTAAGRLPGYGVVTNIINGGLECGKGADSRVADRIGFYKRYCDLL
水稻（Oryza sativa japonica group NP_001050373.2)
NP_001050373.2)MRALAVVAMVATAFLAAAVHAEQCGSQAGGAVCPNCLCCSQFGWCGSTSDYCGAGCQSQCSAAGCGGGGPTPPSGSGGSGVASIVSRSLFDQMLLHRNDAACPASNFYTYDAFVAAASAFPGFAAAGGDADTNKREVAAFLAQTSHETTGGWATAPDGPYAWGYCFKEENGGAAGPDYCQQSAQWPCAAGKKYYGRGPIQLSYNFNYGPAGQAIGADLLGDPDLVASDATVSFDTAFWFWMTPQSPKPSCHAVATGQWTPSADDQAAGRVPGYGVITNIINGGLECGHGEDDRVADRIGFYKRYCDILGVSYDANLDCYSQRPFGS
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