茄科植物TIFY家族基因的鉴定与比较分析(3)
1.3 蛋白保守基序与结构域分析
为获得茄科植物TIFY蛋白保守基序类型与排列方式，笔者利用MEME在线工具对茄科植物代表性物种番茄与土豆的TIFY蛋白进行保守基序鉴定与分析。执行过程中的主要参数为：每个序列最少和最多基序数目分别为0和10个；每个保守基序最长和最短尺寸分别为7和185个氨基酸；各个保守基序最多和最少位点数目分别为185和7个位点；期望值E=0.1，其它参数为默认值[10]。
1.4 序列联配与系统进化树构建
为探索茄科植物TIFY家族基因的系统进化关系，笔者使用Clustal X对所有鉴定的TIFY蛋白进行多序列比对分析，参数为默认值[11]。这些比对结果文件进一步被导入到MEGA软件中，利用该软件中内置的邻接法（Neighbor-Joining Method）构建系统发生树，其进化树图片直接由MEGA输出[12]。
1.5 同源基因对的选择压力检测
对番茄与土豆的TIFY家族基因进行两两比较，筛选出2个茄科代表植物TIFY家族的旁系同源基因对。利用PAML软件包中的CodeML软件计算所有旁系同源基因对的Ka、Ks和ω值[13]。然后，利用画图工具Adobe illustrator绘制这些旁系同源基因对Ka、Ks和ω值的分布图。根据分布图推断，茄科植物旁系同源基因对的选择压力类型，并判断这些同源基因对分化后是否经历了适应性进化。